Le premier musée de Royan fut créé en 1882 en même temps que la bibliothèque municipale. Son premier conservateur fut Eugène Lemarie, ancien instituteur de Saint‑Jean‑d’Angély, beau‑père du publicitaire royannais Victor Billaud, et auteur du journal aujourd’hui disparu "Les Fariboles saintongeaises". Le musée est installé en 1884 au premier étage de la mairie et se compose essentiellement de collections de coquillages. À la mort de son conservateur, le musée tombe en désuétude.

En 1934, est créée l’association "La Société du Musée et de la Bibliothèque" et le musée est implanté au Palais de Foncillon où il est éclipsé par le casino existant au sein du même bâtiment.

L’édifice est bombardé en 1945 et avec lui disparaissent le musée et ses collections : seuls un œuf d’autruche et une stèle funéraire romaine du Font de Cherves sont sortis des décombres.

La Société du musée se reconstitue en 1957 et son premier président est Louis Basalo, architecte du marché de Pontaillac, futur local du musée, mais c’est son successeur et ami Robert Colle, professeur d’histoire au Lycée de Royan, qui crée en 1964 le musée au troisième étage d’un bâtiment annexe de la mairie, avenue de Pontaillac.

En 2003, le musée déménage dans l’ancien Marché de Pontaillac. L’association prend le nom de Société des Amis du Musée et fait don de toutes ses collections à la municipalité. Le nouveau conservateur met en œuvre le projet scientifique et culturel, déterminant la vocation du musée, à savoir raconter l’histoire de la ville, deux fois détruites et deux fois relevées, à travers plusieurs grands thèmes :

• l’émergence de la ville de l’Antiquité au 17^e siècle
  (siège de Royan et première destruction pendant les guerres de Religion)
• le développement du tourisme balnéaire au 19^e siècle
• le séjour de Pablo Picasso de 1939 à 1940
• la Seconde Guerre mondiale à Royan
• la Reconstruction de Royan, une ville devenue laboratoire d’architecture moderne.

Le parcours permanent du musée est accompagné d’u  espace dédié aux expositions temporaires retraçant l’histoire de Royan à l’aide de différentes disciplines : architecture, musique, arts plastiques, littérature, sciences naturelles…