La gare de Saujon a été créée parallèlement à l’ouverture de la ligne Pons‑Saujon‑Royan par la Compagnie du Chemin de Fer de la Seudre. Un premier embranchement est ouvert en 1876 en direction de l’estuaire de la Seudre et du port de la Grève à La Tremblade. La gare et la ligne sont rachetées par l’État en 1880 qui en 1912 établit une liaison directe avec Saintes. C’est à partir de cette année que le trafic des voyageurs entre Pons, Saujon et La Grève se réduit : en 1932, il se fait uniquement en autocar. Le transport des huîtres reste actif jusqu’en 1980.

L'aménagement du pôle d'échanges débute en 2021.