Le premier musée de Royan fut créé en 1882 par décision du conseil municipal. Établi au palais de Foncillon, il est intégralement détruit par les bombardements de 1945.

Après la guerre, la société du musée est reconstituée par des érudits locaux qui réunissent de nouvelles pièces muséales, issues de fouilles locales et de dons.

Installé depuis 1964 dans un bâtiment de la mairie, le musée déménage en 2004 dans l'ancien marché réhabilité de Pontaillac, dont l’architecte était le premier président de la société du musée en 1957.