La première église Saint‑Étienne de Mortagne‑sur‑Gironde semble dater du 12^e siècle : certains éléments de cette époque sont encore présents dans le monument. Remaniée au 13^e ou 14^e siècle, l’église a dû être saccagée au cours des guerres de Cent ans et de Religion : l’édifice est alors en partie reconstruit au 17^e siècle.

En 1852, l’église étant devenue trop petite et le clocher menaçant de s’écrouler, la municipalité engage d’importants travaux. Le projet sélectionné est celui de Gustave Alaux, architecte bordelais, et la réalisation du décor sculpté est confiée à Aristide Belloc, auteur des décorations du Grand Théâtre de Bordeaux.

En 1887, est constaté le mauvais état de la voûte en bois ; l’architecte bordelais Lamy fait une proposition novatrice : la mise en place d’une voûte en béton. Approuvé et mis en œuvre, le projet est achevé en 1890.