C'est en 1544 que l'on commence à entendre parler dans la région de moines-prêcheurs, qui s'adressent à la population l'entretenant dans l'hérésie luthérienne à Saint‑Étienne d'Arvert, mais aussi à Saint‑Just, Saintes et Oléron. Depuis 1543, l'Université de Paris impose aux religieux de tous ordres, une confession de foi strictement orthodoxe, s'efforçant à enrayer le mouvement réformateur en dispersant le petit nombre de prêtres et de moines séduits par les idées nouvelles. Ceux qui ne veulent pas signer ces articles de foi sont chassés de leur lieu de ministère.

Les plus déterminés se dirigent vers des lieux reculés, pensant y trouver la liberté d'exprimer leurs idées réformistes. Cinq d'entre eux se fixent ainsi en Saintonge : Philippe Barat à Saint‑Just, près de Marennes, frère Nicole Courcel à Arvert, frère Hubert Robin à Saint‑Denis d'Oléron, Philibert Hamelin à Saintes et frère René Macé à Gémozac. Conservant leurs habits ecclésiastiques pour écarter les soupçons des autorités locales, ils prêchent généralement dans les églises. En semaine ils font la classe aux enfants et introduisent dans les familles la toute récente traduction en français du Nouveau Testament, favorisant ainsi la diffusion de "la subversion" auprès des classes les plus lettrées. Appréciés et respectés de tous, ils incarnent la simplicité et l'idéal évangélique dont le clergé établi s'est fort éloigné.

Leur prédication se situe essentiellement à deux niveaux : ils dénoncent les excès et la décadence de l'église, et appellent à un retour à l'idéal évangélique. Cet appel à une juste rébellion contre les abus ecclésiastiques est entendu avec intérêt par une population habituée à se révolter contre tout ce qui représente le pouvoir. En quelques années, un mouvement religieux réformiste se dessine. À cette époque, l'évêque de Saintes, Tristand de Bizet, semble avoir protégé, sinon encouragé ces pionniers luthériens, d'autant que ces moines prêcheurs n'avaient nullement l’intention de fonder une nouvelle église.

Mais leur succès populaire inquiète suffisamment les autorités pour qu’elles délèguent un procureur chargé de faire taire les fauteurs de trouble. Les cinq prêcheurs sont arrêtés. Philippe Barat et Philibert Hamelin en sont quittes pour un bannissement car ils ont fait amende honorable ; Hubert Robin réussit à s'enfuir et ne reviendra pas dans la région ; seuls René Macé et Nicole Courcel, persistant dans leur conviction, sont exécutés en 1546, soit deux ans après leur arrivée dans le Pays. Aussitôt l'évêché délègue dans la région de nouveaux prêcheurs pour manifester l'existence d'un clergé officiel honorable - qui existait sans nul doute -, et remplacer les curés pervertis et ignorants. Privés de leurs prédicateurs "luthériens", refroidis par la répression, les nouveaux adeptes hésitent à manifester ouvertement leur adhésion à ces propositions de changement radical. Il faut attendre sept ans pour entendre à nouveau quelques échos de ce qui va bientôt devenir un véritable mouvement populaire.

L'un de ces moines‑prêcheurs, Philibert Hamelin, contraint à l'exil, se réfugie à Genève. Il y devient imprimeur et se forme au ministère pastoral, avec une centaine d'autres que Calvin destine à prendre en charge la réforme de l'église en France. Il s'agit là d'un réel tournant théologique qui est en train de s'amorcer. Aux élans réformistes des moines‑prêcheurs de 1544, se substitue la volonté d'édifier une église, structurée selon le modèle établi par Calvin à Genève. Début 1554, Calvin désigne Hamelin pour aller édifier les églises réformées en Saintonge. En deux ans Philibert Hamelin organise les communautés d'Arvert, de Marennes et de Saintes, prêchant également à Oléron. La demande locale et le succès de sa mission sont tels que, très rapidement, il demande que Genève lui envoie du renfort. Mais en 1556, soit dix ans après sa première incarcération, il est arrêté par le pouvoir royal et accusé d'avoir baptisé un enfant dans l'église d'Arvert (l'évêque de Saintes ne pourra tolérer cet acte et se déplacera en personne pour rebaptiser l'enfant). Jugé et condamné, Hamelin sera exécuté le 12 avril 1557. Mais il faut savoir que l'évêque Tristand de Bizet, qui s'était montré compréhensif en 1544 à l'égard de la prédication luthérienne, même s'il ne pouvait pas suivre l'évolution calviniste d'Hamelin, gardait une attitude ambiguë. Après sa condamnation, Hamelin devait être dégradé de son état de prêtre par l'évêque du lieu avant d'être exécuté. Mais celui‑ci refusa de se déplacer pour cette cérémonie, et c'est l'évêque de Grasse qui dû s'en charger moyennant 20 écus payés par son collègue de Saintes !

Mais d'autres prendront la relève : Charles Léopard à Arvert en 1559, Charles de la Fontaine à Marennes en 1558. Malheureusement, une fois de plus, courant 1559 et 1560, la répression oblige La Fontaine et Léopard à entrer en clandestinité et à parcourir les routes des îles pour échapper à l'arrestation ; un effet heureux de cette errance forcée permet à La Fontaine de rayonner plus amplement sur Oléron et Saint‑Sornin, à Léopard de prêcher à Mornac et de créer une église à Saujon. Léopard dresse l’église de Royan et celle de Vaux en 1560. Sous la régence de Catherine de Médicis, deux autres années de calme (1561‑1562) rendront possible l'implantation définitive de l'église réformée.