L’occupation du territoire de Saint‑Augustin est avérée à l’époque gauloise, des ateliers d’extraction du sel datant de cette époque ont été mis au jour. Le territoire était alors en partie couvert par le golfe d’Arvert (plus tard le golfe de Barbareu).

L’histoire de la commune reste méconnue jusqu’au milieu du Moyen Âge : la première mention est faite dans la charte de l’abbaye de Vaux, dans laquelle il est fait état de la donation de l’église paroissiale à celle‑ci. L’abbaye installe un prieuré et valorise les terres agricoles.

Un petit âge glaciaire au 15^e siècle entraîne un accroissement du besoin en bois : le déboisement engendre alors un mouvement des dunes qui empiètent sur les surfaces agricoles, bouchent le port et transforment le golfe de Barbareu en un étang.

Le 16^e siècle est mouvementé pour la commune : elle fait face à la révolte des gabelles, à l’issue de laquelle la paroisse livre les cloches de l’église au Connétable de Montmorency, et à l’arrivée de la Réforme protestante sur le territoire.

Au 19^e siècle, la commune toujours menacée par les dunes de sables entament un reboisement créant la forêt de Saint‑Augustin.

Aujourd’hui, la commune vit du tourisme et de l’artisanat et jouit de sa proximité avec les stations balnéaires.