La ville de Saint‑Palais est mentionnée pour la première fois au 11^e siècle dans le cartulaire de l’abbaye de Vaux. De la paroisse, gérée par l’abbé de Vaux, dépendent des "maines", domaines agricoles appartenant à une ou plusieurs familles.
Dès le 13^e siècle, l’activité économique de la commune se partage entre agriculture, pêche et cabotage. Au 14^e siècle, le logis du seigneur de Saint‑Palais est construit et la seigneurie est intégrée à la châtellenie de Royan.

Au cours du 16^e siècle, à Saint‑Palais, de nombreuses révoltes éclatent face à l’augmentation de la gabelle offrant alors un terrain favorable pour les prêcheurs calvinistes. Par la suite, la commune est impactée par les guerres de Religion : l’église de Saint‑Palais est saccagée et sa nef détruite. À la fin du 17^e siècle, sur les 229 foyers de la ville, 214 sont protestants.
C’est également au 16^e siècle que vont s’installer les pilotes dans le port, pour conduire les bateaux entrant dans l’estuaire incertain et dangereux. La côte, cible des naufrageurs et des pirates entre les 15^e et 17^e siècles, est dotée de milices pour la protection du territoire. En 1729, pour faire face à la contrebande, est installé un bureau des Fermes auquel succédera en 1840 le Bureau des Douanes.

Au 19^e siècle, la ville se développe grâce à l’attrait pour les bains de mer : de riches bordelais font des excursions à Saint‑Palais et, peu à peu, y font construire des villas en bord de mer. Ce développement est de plus assuré par la mise en service d’une ligne de tramway en 1897 et l’installation d’infrastructures de loisirs au début du 20^e siècle.
Dans la ville occupée par l’armée allemande pendant la Seconde Guerre mondiale, des villas comme Primavera sont réquisitionnées et les côtes sont intégrées au Mur de l’Atlantique.

Ville classée "station balnéaire" en 1981, son centre‑ville est modernisé et la commune accueille depuis de nombreux touristes pendant la période estivale.